ज़गरेब विश्वविद्यालय में क्रोएशिया, बल्कि दक्षिण पूर्व यूरोप में न केवल सबसे पुराना है। रोमन सम्राट और हंगरी क्रोएशियाई राजा लियोपोल्ड मैं ज़गरेब, क्रोएशिया और Slavonia के राज्य के पूर्व राजधानी के एक मुक्त शाही शहर के क्षेत्र पर संचालित है जो पूर्व जेसुइट अकादमी के विश्वविद्यालय के शिक्षण संस्थानों, के विशेषाधिकारों और स्थिति को पहचानने के लिए एक कानून जारी किया जब इसकी आधिकारिक नींव की तारीख, 23 सितंबर 1669 माना जाता है। इस तिथि के अधिकार के कार्यान्वयन के लिए उनके संघर्ष में ज़गरेब विश्वविद्यालय के इतिहास की शुरुआत प्राप्त और मध्य यूरोप में विश्वविद्यालयों और अकादमियों के आधिकारिक प्रतिनिधि के बीच में एक योग्य जगह प्राप्त करने के लिए है।

अपने आधुनिक रूप में ज़गरेब विश्वविद्यालय के इतिहास में वह 1861 में विश्वविद्यालय का आयोजन करने का प्रस्ताव जब पहल dzhyakovskogo बिशप और क्रोएशियाई जोसिप जुराज Strossmayer के प्रमुख संरक्षक, के साथ शुरू होता है चार संकायों:, चिकित्सा धार्मिक, दार्शनिक और कानूनी। प्रस्ताव कई वर्षों के लिए माना जाता है, और 1874 में क्रोएशियाई संसद पहल अपनाया और एक फरमान जारी किया गया था, "विश्वविद्यालय पर।" एक ही वर्ष में विश्वविद्यालय इसका नाम बदल दिया और ज़गरेब में आधुनिक विश्वविद्यालय के रूप में जाना गया।

एक ही समय बोलोग्ना प्रक्रिया के विलय के लिए शुरू किया पर 1990 के बाद से विश्वविद्यालय, अधिक स्वायत्तता प्राप्त हुआ है।